Церковь святого Франциска стоит на одноимённой площади piazza San Francesco, примерно в 350 м на юго-запад от Соборной площади.
Здание нынешней церкви францисканцы начали возводить рядом со своей обителью в 1281 году. Строительство было завершено в 1331 году. Церковь была полностью построена из кирпича. Для Прато это был первый пример общественного кирпичного здания. До этого в городе было принято использовать камень.
Главный фасад церкви облицован горизонтальными полосами белого известняка и зелёного серпентина. В нижней части фасада открывается портал. Люнет портала украшен изображением Непорочной Девы Марии (первая половина 19 века, Мартино Бенелли). Вверху здание венчает треугольный тимпан, добавленный в 15 веке. Тимпан украшен рельефом работы Андреа делла Роббиа («Стигматы святого Франциска»). Колокольная башня построена по проекту Антонио Бенини (1799-1801).Внутреннее пространство церкви состоит из одного нефа, завершающегося тремя апсидальными капеллами, построенными в готическом стиле. Убранство церкви было переделано в неоготическом стиле в 1902-04 годах. Тем не менее, в церкви сохранилось много старинных предметов обстановки и произведений искусства. Следует обратить внимание на надгробный памятник Джеминьяно Ингирами (около 1460 года, предположительно, работы Паскуино да Монтепульчано). Главный алтарь украшает деревянное раскрашенное распятие (14 век). За алтарём можно видеть надгробие Франческо Датини с плитой из белого мрамора (1411-12, Никколо ди Пьетро Ламберти). Примечателен амвон, выполненный в стиле эпохи Возрождения.
