Холм, на котором расположена церковь Святых Афры и Ульриха, был освящён в эпоху раннего средневековья. Здесь была позднеримская церковь и, начиная с 5-го века, сюда шли паломники поклониться Святой Афре. В 973-м году к мощам святой Афры были добавлены мощи епископа Ульриха — спасителя города от язычников-венгров.
Позднеримская церковь в 7-м веке сменилась базиликой. В начале одиннадцатого века и эта базилика исчезла, она уступила место церкви в стиле раннего романского искусства. В последующие века церковь перестраивалась, изменялся ее облик и статус.
Современная церковь - пятая или шестая по счёту на этом холме. Она ведёт свою родословную с 1474-го года. Кирпичную постройку вчерне закончил в 1500-м году архитектор Энгельберг. Когда же стал приближаться 1300-летний юбилей Святой Афры, строители поторопились. Церковь, наконец, сдали заказчику в 1604-м году. Это архитектурное сооружение сохранило признаки разных архитектурных стилей, но они сочетаются очень гармонично и производят впечатление единого целого.
