Освящение места под постройку будущего храма состоялось 12 июля 2002 года, а его торжественная закладка была совершена 14 июня 2004 года. Храм выстроен по проекту архитектора Елены Фёдоровны Шаповаловой.
Проектирование и строительство затянулось на долгие 11 лет. Медленными темпами шла закладка фундамента, воздвигались стены, в 2006, 2007 годах строительные работы не велись вовсе, и лишь в 2009 году строительство было завершено.
За долгое время сооружения храма многие люди в разном качестве смогли поучаствовать в строительстве, внести свою лепту в его создание. Это позволяет назвать храм поистине народным.
Первое Богослужение в храме состоялось 12 июля 2009 года, а его торжественное освящение совершил 11 октября 2009 года патриарх Московский и Всея Руси Кирилл (Гундяев) в присутствии министра обороны Российской Федерации и главнокомандующего военно-морским флотом.
Новый храм возведён в память о российских моряках-подводниках. Одной из причин такого посвящения является то, что в озере Разлив в 1724—1727 годах прошли испытания «потаенного судна» Ефима Никонова.
