Отсчет истории города Иерапетра начался несколько тысяч лет назад. Первое поселение появилось на этом месте в эпоху древней Минойской цивилизации и называлось Иерапитна. Спустя несколько столетий город был захвачен римлянами, как и многие крупные города Крита. О тех временах напоминают руины римского порта, сохранившиеся на небольшой глубине у побережья. После нашествия арабов, разрушивших город в 824 году, здесь была устроена база пиратов.
Расцвет города приходится на время венецианского господства, тогда же появилось и современное название. В 1626 году венецианцы возвели на месте древнего города небольшую крепость Кулес, служившую для защиты от пиратов. Существует версия, что в 1798 года Наполеон Бонапарт останавливался в городе во время своего похода в Египет, и дом, в котором он жил, в наши дни открыт для посетителей. В местном музее представлены находки, сделанные археологами в окрестностях города. Наиболее интересным экспонатом считается статуя Персефоны, дошедшая до нас в прекрасной сохранности.
Атмосфера старины сохранилась в старой части города, где на узких улочках уютно расположились маленькие домики в стиле минувших столетий. Здесь же находится одна из интереснейших церквей Крита - церковь Айос-Георгиос, построенная в 1856 году, купола которой изготовлены из дерева (преимущественно из кедра).
Координаты: 35.00616700, 25.73674800